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12歳となったエドワードは、国家錬金術師となり二つ名「鋼」を授けられ、アルフォンスと共に元の体に戻る為、絶大な力を持つ賢者の石を探す旅に出る。しかし、旅先には数々の試練がエルリック兄弟を待っていた。エドワードを「人柱」と語る人造人間（ホムンクルス）や、国家錬金術師を狙う傷の男など、謎の敵が現れる。さらには目的を同じくする異国の者達まで現れ、兄弟の旅は波乱を究める。かつて起こった「イシュヴァール殲滅戦」を巡る陰謀が漂う中、兄弟は絆を深めながら元の体に戻る方法を探し続ける。

吉川英治の小説『宮本武蔵』が原作となっているが、武蔵の実姉が描かれていなかったり、佐々木小次郎がろう者であったりと、キャラクターや物語には井上独自のアレンジが大きく加えられている。表題も原作名である『宮本武蔵』ではなく『バガボンド』となっている。ちなみに、題名の「バガボンド（vagabond）」とは英語で"放浪者"、"漂泊者"という意味である。『宮本武蔵』という題名にしなかったのは、作者が、読者の読む前の先入観・好き嫌いを持ち出されるのが嫌だったのと、過去に実在した人物を好き勝手に描くのは後ろめたさを感じたからである[1]。

また、「一コマが一つの絵画として完成している」と評価されるなど、井上の画力には定評がある。当初井上は当時の服装である着物の描写が思うようにいかず、体の線が出にくいため、特に戦闘時に不自然さが現れてしまう事について悩んでいた。考えた末に、井上は登場人物が裸の状態を下描きの段階で一度書き、その上で着衣を描き込むといった手間のかかる手法によって、この問題を解決した[2]。その為、本作品では通常の倍近い作業を要している。さらに、ペンでの描写に限界を感じたことをきっかけに、場面全体の雰囲気を変えるため、また鐘巻自斎の汚らしさ等を表現するために、いわゆる「小次郎編」開始時から作品途中にして完全に筆のみによって描画するようになった[3]。

また、単行本ではカラーイラストが再現されている。

登場人物の多くにボクシングの歴史を彩った人物の姿が投影されており、一瞬の栄光を得ながらも世間的に無名でありつづける彼らをフィクションで再現した功績は大である。作者自身も実際にボクシングジムのオーナーで著名なプロボクサー達と親交があり、『マガジン』誌上で若手を応援するコメントを載せるなどしている。

各話数はそれぞれ「Round.○○」という通し番号になっており、ファンブックでも「R109」といったように記されている。

発行部数は2008年時点で8000万部を超え、『週刊少年マガジン』を代表する看板漫画となっている。1991年（平成3年）度、第15回講談社漫画賞少年部門受賞。2010年現在、連載21年で単行本は現在91巻まで刊行され、以下続刊。総集編も32巻まで出ている。『釣りキチ三平』（単行本全65巻）を抜いて『少年マガジン』史上、最大の巻数であると共に『あぶさん』に次いで2番目に長く続いているスポーツ漫画となっている。

戦国の世を、当代きっての傾奇者として生きた漢・前田慶次の奔放な生きざまを描いた作品である。

ところがある日、つくしはF4に絡まれている友人・遠藤真木子をかばった事が原因で、F4に赤札を貼られ、学校全体からいじめのターゲットにされてしまう。しかし、正義感の強いつくしは彼らの性根を叩き直さんとばかりに立ち向かって行く。

だが、道明寺はつくしのことを好きになってしまい、それからは彼女一途でそればかり......虐められ騙され続けたつくしの人生が、このF4によって変わり始めた。次第に2人の思いは通じ合っていくが、様々な事情（楓が中心）が彼らの恋路を阻む。

ところがある日、つくしはF4に絡まれている友人・遠藤真木子をかばった事が原因で、F4に赤札を貼られ、学校全体からいじめのターゲットにされてしまう。しかし、正義感の強いつくしは彼らの性根を叩き直さんとばかりに立ち向かって行く。

だが、道明寺はつくしのことを好きになってしまい、それからは彼女一途でそればかり......虐められ騙され続けたつくしの人生が、このF4によって変わり始めた。次第に2人の思いは通じ合っていくが、様々な事情（楓が中心）が彼らの恋路を阻む。

ハヤテは彼を「引き取り」に来たヤクザから命辛々逃げ出すものの、所持金12円で冬の街で路頭に迷うことに。そして行き着いた先の公園で、自動販売機の前にひとりでいた少女を偶然見つけ、ハヤテは1億5000万円の身代金を要求する営利誘拐を目論む。しかし、ハヤテが少女に対して誘拐犯の科白として言った言葉が非常に微妙な言い回しであったため、少女はこれを愛の告白と勘違い。さらにハヤテがその場を離れた隙に別の誘拐犯たちが現れて攫ってしまったところを、ハヤテが少女を劇的に救い出してしまったため、少女はハヤテに惚れてしまう。その少女は、とんでもない大富豪である三千院家の令嬢、三千院ナギであった。

路頭に迷っていたハヤテを、ナギは執事として雇うことを決め、ヤクザに1億5000万の借金を現金一括で立て替え払いしてしまう。こうして、ナギを守るため、そしてナギに借金を返すため、借金執事・綾崎ハヤテの日々は始まった。

ストーリー上の重要要素のひとつがハヤテとナギの誤解の上に成り立つ恋愛関係である。前述の経緯によりナギはハヤテと自分が相思相愛だと思っているが、ハヤテはある意味健全なため幼いナギに対して明確な恋愛感情はなく、あくまで命を助けられた恩と執事としての使命感から彼女を護っている。そこに唯一その事実を知るナギのメイド・マリア、ハヤテに片想いしている普通の少女・西沢歩と生徒会長・桂ヒナギク、かつてハヤテと永遠を誓った謎の少女・天王州アテネ、その他多くのキャラクターが絡んで恋と戦いを繰り広げ、更に三千院家に伝わる9つの王玉をめぐっての壮絶な遺産争いにも巻き込まれていくことになる。

作者の子の同級生が自閉症だったためその子のエピソードを参考にしている。

平成16年度（第8回）文化庁メディア芸術祭マンガ部門優秀賞受賞作品。

韓国・香港・台湾・アメリカ合衆国・カナダでも、現地語に翻訳され、出版されている。

囲碁のルールも、佐為がかつて憑いていた碁聖・本因坊秀策の強さも知らないヒカルは、「神の一手を極める」という彼の壮大な目標に付き合わされ、彼にせがまれるままに碁を打つことになる。以降、佐為はヒカル以外には姿も見えず会話もできず、物を動かすことすら出来ない存在であることを前提に話は進む。

一方、ヒカルと同年齢の少年･塔矢アキラは、名人の父･塔矢行洋から英才教育を受け周囲から一目置かれる天才少年だが、碁の道を邁進することに未だふんぎりをつけられずにいた。ある日、佐為にせがまれ碁会所に入ってきた初心者のヒカルと軽い気持ちで対局するが、圧倒的な差を見せつけられ負かされてしまう。生まれて初めて、全力で戦ったのに同い年でしかも初心者の少年に敗れるという悔しさを味わったアキラは、ヒカルの謎めいた強さに疑問を持つと共に、ヒカルに注目していくことになる。

実はアキラが戦ったのはヒカルではなく佐為の方だった。2人の対局するさまを目の前で見ているだけだったヒカルは疎外感を覚え、碁を自分で打てないことを歯痒く思う。その後出会った塔矢行洋の打ち様に心惹かれたヒカルは、佐為に頼らずに1人で碁を打とうと決心する。佐為もまた、ヒカルのその姿勢に感心し、彼の成長の助力になれることを素直に喜ぶのだった。

この物語は、季節も時間も週刊連載に沿ってリアルタイムで進行し、ヒカルの成長とさまざまな人物との出会い、その途上で訪れる別れを淡々と描き終幕する。