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死神代行篇 単行本：1巻 - 8巻、アニメ版：第1話 - 第20話（計20話）
とても霊感が強い高校生・黒崎一護は、悪霊退治に来た死神・朽木ルキアと出会う。最初は死神の存在を信じなかった一護だが、人の魂を喰らう悪霊・虚（ホロウ）に襲われたことでルキアを信じざるを得なくなる。家族を悪霊との騒動に巻き込まないために虚に立ち向かう一護だったが、普通の高校生が虚にかなうはずがなく、一護をかばったルキアは重傷を負ってしまう。絶望的状況の中、ルキアは最後の手段として一護に死神の力を分け与え、一護は死神となって虚を退治した。
しかしルキアの予想以上に一護が死神の力を吸い取ってしまったため、ルキアは死神としての力をほとんど失ってしまう。そこでルキアは自身の力が回復するまで一護に死神代行を務めるよう迫る。一度は断る一護だが、ルキアに家族を救われた恩に報いるため死神代行を引き受け、その後さまざまな騒動に巻き込まれる。
尸魂界潜入篇 単行本：9巻 - 14巻、アニメ版：第21話 - 第41話（計21話）
やむを得ない事情があったとはいえ、死神が人間に力を与えるのは死神の世界・尸魂界（ソウル・ソサエティ）では重罪だった。ルキアは一護に霊力を与えた罪で尸魂界から現世に派遣された死神の朽木白哉と阿散井恋次に連行され、それを阻止しようとした一護も彼らとの戦いで瀕死の重傷を負い、死神の力を失ってしまう。一護はルキアを助けるため、浦原喜助をはじめとする浦原商店の面々との壮絶な修行の末、自身に眠る死神の力を取り戻したあと、人語を繰る謎の黒猫・夜一に先導され、同級生である井上織姫・茶渡泰虎（チャド）・石田雨竜とともに尸魂界へ潜入する。
一護たちは門番・?丹坊を退け、死神の活動拠点・瀞霊廷に侵入を試みるが、三番隊隊長・市丸ギンの妨害で失敗。だが夜一の友人である花火師・志波空鶴の協力により、空鶴の弟・岩鷲とともに瀞霊廷へ強行侵入を果たす。侵入の際に離散してしまった一護らは個々に死神と交戦することになる。そんな中、一護と岩鷲はルキアを助けたいと願う四番隊隊員・山田花太郎と偶然知り合い、彼の案内でルキアがとらわれている懺罪宮を目指すが、そこへ六番隊副隊長・阿散井恋次が立ちはだかる。
一方、瀞霊廷ではもう一つ重大な事件が起こっていた。ルキアの処刑に疑問を抱いていた五番隊隊長・藍染惣右介が暗殺されたのである。
尸魂界救出篇 単行本：14巻 - 21巻、アニメ版：第42話 - 第63話（計22話）
ルキアがとらわれている懺罪宮にたどり着いた一護らは、六番隊隊長・朽木白哉と交戦するが、一護に斬魄刀戦術の最終奥義【卍解】を修得させるため、突如現れた夜一に戦いを中断させられる。一護は夜一に引き連れられ【卍解】を修得するため3日間の修行に入った。
一方、藍染隊長殺害事件を独自に調査していた十番隊隊長・日番谷冬獅郎は容疑者として市丸と対峙するが五番隊副隊長・雛森桃に藍染殺害の嫌疑を掛けられ、市丸と戦うも逃がしてしまう。市丸の思惑がルキアの処刑にあるとにらんだ日番谷は部下の十番隊副隊長・松本乱菊とともに処刑を止めに向かう。そんな折ルキアの処刑は期日を早められ、あまりに突然すぎる処刑日時の変更は死神たちの考えも二分することになり、現場も混乱の一途をたどる。
処刑当日、織姫は一護との対決を目論む十一番隊隊長・更木剣八とその部下たちの協力により石田らを脱出させ、ともにルキアの処刑場へ向かう。そこに七番隊・九番隊の隊長格とその部下たちが現れ、剣八とその部下、斑目一角・綾瀬川弓親は彼らと対決することになる。幼馴染であるルキア救出を決意した恋次も白哉と剣を交えた。そして処刑が始まった瞬間、死を決意したルキアの前に一護が駆けつける。 それぞれの信念や正義や想いを賭けた死闘の火ぶたが切って落とされる中、次第にこの騒動の裏に隠された真実と陰謀が明らかになっていく。
破面出現篇 単行本：21巻 - 26巻、アニメ版：第110話 - 第127話・第138話 - 第143話（計34話）
尸魂界から帰った一護たち。虚退治に奔走する中、奇妙な転校生・平子真子が現れる。彼は死神から虚の領域に足を踏み入れた者「仮面の軍勢（ヴァイザード）」だった。一方、藍染の影を感じ、一護の父・一心も死神復帰する。ほどなくして空座町に藍染の配下の破面（アランカル）が襲撃、その戦闘能力に驚愕する。
この事態に尸魂界はルキア・恋次・日番谷ら死神達の先遣隊を現世に送り込むが、グリムジョーと複数の破面が再び来襲、斬魄刀の能力を開放した隊長格の死神や卍解状態の一護でも破面に苦戦させられる。自ら無力さを痛感した一護は、内なる虚を抑えるべく仮面の軍勢の元を訪れていた。一方、日番谷らは山本総隊長から藍染の驚くべき目的を告げられる。
虚圏救出篇 単行本：26巻後半 - 35巻、アニメ版：第144話 - 第146話・第150話 - 第167話・第190話 - 第203話
藍染の命によりウルキオラなどの破面に連れ去られた織姫。尸魂界は本格的な戦いの準備に入り、この件から手を引く。それに納得できない一護は織姫を救出するため浦原の助力の下、石田・チャドと共に、藍染らのいる虚圏（ウェコムンド）に向かう。死神の力を借りずに虚圏にたどり着いた一護たちはネル・トゥら珍妙な破面の3人組と出会い、行動をともにする。そして白哉の黙認を得て虚圏に向かったルキア・恋次も一護達と合流、虚夜宮（ラス・ノーチェス）に乗り込んだ一護らは散開して進むことに。
だが、その先には十刃落ち（プリバロン・エスパーダ）、十刃（エスパーダ）ら強大な力を持つ破面たちが待ち受けていた。一方、織姫は藍染に「仲間」として迎えられる。だが自らの能力を理解した織姫は、藍染の持つ崩玉（ほうぎょく）を無に帰さんと画策していた。
破面たちとの極限の死闘に何度も直面する一護達は時が経つに連れ、次第に満身創痍になっていき、十刃達に追い詰められていく。だが思わぬ人物達が一護達の窮地に駆けつけた。
空座決戦篇 単行本：37巻中盤 - 、アニメ版：第215話 - 第226話・第266話 -
藍染が織姫を連れ去った目的は護廷十三隊や一護ら死神代行組らへの戦力分断だった。一度は一護達に救出される織姫だったが突如現れた十刃の1人、スタークにより再び捕らえられてしまう。更に藍染は死神代行組と加勢に現れた4人の隊長を虚圏に幽閉、3番以上の数字を持つ十刃のスターク、バラガン、ハリベルとその従属官を連れて現世の空座町へと進攻、虚圏では藍染の命を受けたウルキオラが虚夜宮で待ち構えていた。
浦原は山本総隊長の命により、転界結柱を使って空座町を流魂街の外れに転送し、空座町のレプリカと入れ替えていた。現世に現れた護廷十三隊全隊長格と藍染一派との熾烈を極める総力戦が始まる。
一方、虚圏では死神代行組と葬討部隊が交戦を始め、一護もまたウルキオラと刃を交えていた。
過去篇 単行本：36巻 - 37巻前半、アニメ版：第206話 - 第212話。虚圏救出篇と空座決戦篇の間に挿入。
時間は遡ること110年前。当時藍染が五番隊の副隊長を務めていた頃、仮面の軍勢と呼ばれる前の平子が五番隊の隊長を務め、ひよ里達もまたそれぞれ隊長・副隊長として名を連ねていた。そして前隊長が王属特務へ異動した十二番隊には浦原喜助が隊長に任命されることになる。当時の副隊長のひよ里の反発に遭いながらも、浦原は自分なりに隊長の仕事をすることを決め、技術開発局設立を目指すのだった。
時は流れ101年前、この当時流魂街で謎の"変死事件"が発生。六車拳西率いる九番隊が調査に向かうが、そこで発見したものは先遣隊の人数分の、帯が締められたままの死覇装だった。真相究明のために現地に野営する六車九番隊の面々だが、何者かの襲撃を受け拳西と副官の久南白の霊圧反応が消失。救出に向かった平子達が現地で見たものは変わり果てた六車九番隊の姿だった。
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