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剣豪・宮本武蔵を主人公とし、戦国末期から江戸時代の転換期、剣の時代の終わりがけを舞台にその青春期を描く。巨大な歴史の転換点で、出世の夢が破れた武蔵が剣士として自己を確立しようともがく様、また巌流島での武蔵と決闘したことで有名な小次郎を筆頭とする、武蔵と関わった複数の武芸者について描れている。
吉川英治の小説『宮本武蔵』が原作となっているが、武蔵の実姉が描かれていなかったり、佐々木小次郎がろう者であったりと、キャラクターや物語には井上独自のアレンジが大きく加えられている。表題も原作名である『宮本武蔵』ではなく『バガボンド』となっている。ちなみに、題名の「バガボンド（vagabond）」とは英語で"放浪者"、"漂泊者"という意味である。『宮本武蔵』という題名にしなかったのは、作者が、読者の読む前の先入観・好き嫌いを持ち出されるのが嫌だったのと、過去に実在した人物を好き勝手に描くのは後ろめたさを感じたからである[1]。
また、「一コマが一つの絵画として完成している」と評価されるなど、井上の画力には定評がある。当初井上は当時の服装である着物の描写が思うようにいかず、体の線が出にくいため、特に戦闘時に不自然さが現れてしまう事について悩んでいた。考えた末に、井上は登場人物が裸の状態を下描きの段階で一度書き、その上で着衣を描き込むといった手間のかかる手法によって、この問題を解決した[2]。その為、本作品では通常の倍近い作業を要している。さらに、ペンでの描写に限界を感じたことをきっかけに、場面全体の雰囲気を変えるため、また鐘巻自斎の汚らしさ等を表現するために、いわゆる「小次郎編」開始時から作品途中にして完全に筆のみによって描画するようになった[3]。
また、単行本ではカラーイラストが再現されている。
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