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とても霊感が強い高校生・黒崎一護は、悪霊退治に来た死神・朽木ルキアと出会う。最初は死神の存在を信じなかった一護だが、人の魂を喰らう悪霊・虚（ホロウ）に襲われたことでルキアを信じざるを得なくなる。家族を悪霊との騒動に巻き込まないために虚に立ち向かう一護だったが、普通の高校生が虚にかなうはずがなく、一護をかばったルキアは重傷を負ってしまう。絶望的状況の中、ルキアは最後の手段として一護に死神の力を分け与え、一護は死神となって虚を退治した。

しかしルキアの予想以上に一護が死神の力を吸い取ってしまったため、ルキアは死神としての力をほとんど失ってしまう。そこでルキアは自身の力が回復するまで一護に死神代行を務めるよう迫る。一度は断る一護だが、ルキアに家族を救われた恩に報いるため死神代行を引き受け、その後さまざまな騒動に巻き込まれる。

尸魂界潜入篇　単行本：9巻 - 14巻、アニメ版：第21話 - 第41話（計21話）

やむを得ない事情があったとはいえ、死神が人間に力を与えるのは死神の世界・尸魂界（ソウル・ソサエティ）では重罪だった。ルキアは一護に霊力を与えた罪で尸魂界から現世に派遣された死神の朽木白哉と阿散井恋次に連行され、それを阻止しようとした一護も彼らとの戦いで瀕死の重傷を負い、死神の力を失ってしまう。一護はルキアを助けるため、浦原喜助をはじめとする浦原商店の面々との壮絶な修行の末、自身に眠る死神の力を取り戻したあと、人語を繰る謎の黒猫・夜一に先導され、同級生である井上織姫・茶渡泰虎（チャド）・石田雨竜とともに尸魂界へ潜入する。

一護たちは門番・?丹坊を退け、死神の活動拠点・瀞霊廷に侵入を試みるが、三番隊隊長・市丸ギンの妨害で失敗。だが夜一の友人である花火師・志波空鶴の協力により、空鶴の弟・岩鷲とともに瀞霊廷へ強行侵入を果たす。侵入の際に離散してしまった一護らは個々に死神と交戦することになる。そんな中、一護と岩鷲はルキアを助けたいと願う四番隊隊員・山田花太郎と偶然知り合い、彼の案内でルキアがとらわれている懺罪宮を目指すが、そこへ六番隊副隊長・阿散井恋次が立ちはだかる。

一方、瀞霊廷ではもう一つ重大な事件が起こっていた。ルキアの処刑に疑問を抱いていた五番隊隊長・藍染惣右介が暗殺されたのである。

尸魂界救出篇　単行本：14巻 - 21巻、アニメ版：第42話 - 第63話（計22話）

ルキアがとらわれている懺罪宮にたどり着いた一護らは、六番隊隊長・朽木白哉と交戦するが、一護に斬魄刀戦術の最終奥義【卍解】を修得させるため、突如現れた夜一に戦いを中断させられる。一護は夜一に引き連れられ【卍解】を修得するため3日間の修行に入った。

一方、藍染隊長殺害事件を独自に調査していた十番隊隊長・日番谷冬獅郎は容疑者として市丸と対峙するが五番隊副隊長・雛森桃に藍染殺害の嫌疑を掛けられ、市丸と戦うも逃がしてしまう。市丸の思惑がルキアの処刑にあるとにらんだ日番谷は部下の十番隊副隊長・松本乱菊とともに処刑を止めに向かう。そんな折ルキアの処刑は期日を早められ、あまりに突然すぎる処刑日時の変更は死神たちの考えも二分することになり、現場も混乱の一途をたどる。

処刑当日、織姫は一護との対決を目論む十一番隊隊長・更木剣八とその部下たちの協力により石田らを脱出させ、ともにルキアの処刑場へ向かう。そこに七番隊・九番隊の隊長格とその部下たちが現れ、剣八とその部下、斑目一角・綾瀬川弓親は彼らと対決することになる。幼馴染であるルキア救出を決意した恋次も白哉と剣を交えた。そして処刑が始まった瞬間、死を決意したルキアの前に一護が駆けつける。 それぞれの信念や正義や想いを賭けた死闘の火ぶたが切って落とされる中、次第にこの騒動の裏に隠された真実と陰謀が明らかになっていく。

破面出現篇　単行本：21巻 - 26巻、アニメ版：第110話 - 第127話・第138話 - 第143話（計34話）

尸魂界から帰った一護たち。虚退治に奔走する中、奇妙な転校生・平子真子が現れる。彼は死神から虚の領域に足を踏み入れた者「仮面の軍勢（ヴァイザード）」だった。一方、藍染の影を感じ、一護の父・一心も死神復帰する。ほどなくして空座町に藍染の配下の破面（アランカル）が襲撃、その戦闘能力に驚愕する。

この事態に尸魂界はルキア・恋次・日番谷ら死神達の先遣隊を現世に送り込むが、グリムジョーと複数の破面が再び来襲、斬魄刀の能力を開放した隊長格の死神や卍解状態の一護でも破面に苦戦させられる。自ら無力さを痛感した一護は、内なる虚を抑えるべく仮面の軍勢の元を訪れていた。一方、日番谷らは山本総隊長から藍染の驚くべき目的を告げられる。

虚圏救出篇　単行本：26巻後半 - 35巻、アニメ版：第144話 - 第146話・第150話 - 第167話・第190話 - 第203話

藍染の命によりウルキオラなどの破面に連れ去られた織姫。尸魂界は本格的な戦いの準備に入り、この件から手を引く。それに納得できない一護は織姫を救出するため浦原の助力の下、石田・チャドと共に、藍染らのいる虚圏（ウェコムンド）に向かう。死神の力を借りずに虚圏にたどり着いた一護たちはネル・トゥら珍妙な破面の3人組と出会い、行動をともにする。そして白哉の黙認を得て虚圏に向かったルキア・恋次も一護達と合流、虚夜宮（ラス・ノーチェス）に乗り込んだ一護らは散開して進むことに。

だが、その先には十刃落ち（プリバロン・エスパーダ）、十刃（エスパーダ）ら強大な力を持つ破面たちが待ち受けていた。一方、織姫は藍染に「仲間」として迎えられる。だが自らの能力を理解した織姫は、藍染の持つ崩玉（ほうぎょく）を無に帰さんと画策していた。

破面たちとの極限の死闘に何度も直面する一護達は時が経つに連れ、次第に満身創痍になっていき、十刃達に追い詰められていく。だが思わぬ人物達が一護達の窮地に駆けつけた。

空座決戦篇　単行本：37巻中盤 - 、アニメ版：第215話 - 第226話・第266話 -

藍染が織姫を連れ去った目的は護廷十三隊や一護ら死神代行組らへの戦力分断だった。一度は一護達に救出される織姫だったが突如現れた十刃の1人、スタークにより再び捕らえられてしまう。更に藍染は死神代行組と加勢に現れた4人の隊長を虚圏に幽閉、3番以上の数字を持つ十刃のスターク、バラガン、ハリベルとその従属官を連れて現世の空座町へと進攻、虚圏では藍染の命を受けたウルキオラが虚夜宮で待ち構えていた。

浦原は山本総隊長の命により、転界結柱を使って空座町を流魂街の外れに転送し、空座町のレプリカと入れ替えていた。現世に現れた護廷十三隊全隊長格と藍染一派との熾烈を極める総力戦が始まる。

一方、虚圏では死神代行組と葬討部隊が交戦を始め、一護もまたウルキオラと刃を交えていた。

過去篇　単行本：36巻 - 37巻前半、アニメ版：第206話 - 第212話。虚圏救出篇と空座決戦篇の間に挿入。

時間は遡ること110年前。当時藍染が五番隊の副隊長を務めていた頃、仮面の軍勢と呼ばれる前の平子が五番隊の隊長を務め、ひよ里達もまたそれぞれ隊長・副隊長として名を連ねていた。そして前隊長が王属特務へ異動した十二番隊には浦原喜助が隊長に任命されることになる。当時の副隊長のひよ里の反発に遭いながらも、浦原は自分なりに隊長の仕事をすることを決め、技術開発局設立を目指すのだった。

時は流れ101年前、この当時流魂街で謎の"変死事件"が発生。六車拳西率いる九番隊が調査に向かうが、そこで発見したものは先遣隊の人数分の、帯が締められたままの死覇装だった。真相究明のために現地に野営する六車九番隊の面々だが、何者かの襲撃を受け拳西と副官の久南白の霊圧反応が消失。救出に向かった平子達が現地で見たものは変わり果てた六車九番隊の姿だった。

立派な魔導士を目指す少女・ルーシィは、ひょんな事から火を食べ、火を吐き、火を纏う滅竜魔導士（ドラゴンスレイヤー）・ナツと出会い、ナツの所属するギルド「妖精の尻尾（フェアリーテイル）」に加入する。しかしそこは、ルーシィの想像を超えた荒くれ者が集まるギルドだった。

問題児だらけの「妖精の尻尾」だが、ナツとルーシィは順調に依頼をこなして行き、次第に魔導士としても成長していく。

次の瞬間、彼らはマンションの一室にいた。そこには、同じ様に死んだはずの人々が集められていた。部屋の中央にある謎の大きな黒い球。彼らは、その「ガンツ」と呼ばれる球に、星人を「やっつける」ように指示され、別の場所へと転送されていく。

謎の物体「ガンツ」に集められた死んだはずの人々は理由もわからないまま、謎の星人と戦わなくてはいけない。

主人公のゴンは幼少期、父親ジンの弟子のカイトに助けられる。ジンやハンターについてカイトから聞いたゴンはハンターに憧れ、12歳となった年にハンター試験を受験するため試験会場に向かう。

会場に向かう船上で、ゴンは同じくハンター志望のクラピカとレオリオに出会う。3人はハンターを目指す仲間として、共に試験合格を目指す。試験会場で同い年のキルア＝ゾルディックも仲間に加わり、4人は共に試験に合格していき、最終試験へ。そして、キルア＝ゾルディック以外の3人は最終試験を見事突破した。

ククルーマウンテン　No.038 - No.043（単行本5巻）

ハンター試験後、自宅に戻ったキルアに会うため、ゴンたち3人はキルアの実家があるククルーマウンテンに向かう。門から屋敷までのいくつかの難関を突破した3人はキルアと再会。

天空闘技場　No.044 - No.063（単行本5巻 - 7巻）

ゴンとキルアは修行と小遣い稼ぎを兼ねて天空闘技場に挑戦。そこでズシという少年と彼の師匠ウイングに出会う。因縁の敵であるヒソカとの再会後、2人はウイングから念能力を教わり、念の修行に励む。

くじら島への里帰り　No.064 - No.069（単行本8巻）

ゴンはキルアと共に故郷くじら島に戻り、束の間の休日を過ごす。そこで、ジンを探す手がかりと思われる「グリードアイランド」というハンター専用ゲームの存在を知る。

ヨークシンシティ（幻影旅団編）　No.070 - No.120（単行本8巻 - 13巻）

「グリードアイランド」がオークションに出品されると知り、ゴンとキルアはヨークシンシティへ行く。破格の値段が予想されるグリードアイランドを落札するため、様々な方法で金稼ぎを試みるが失敗。一方、クラピカは幻影旅団の情報を得るため、ノストラードファミリーに入った。
ゴン、キルア、レオリオは、旅団を捕まえるためクラピカに協力する。ゴンとキルアが旅団に人質にされるが、幻影旅団の団長を捕縛することには成功した。

グリードアイランド　No.120 - No.185（単行本13巻 - 18巻）

ゴンとキルアは選考会で認められ、ゲーム参加に成功。
ゲーム内では、第2の師匠、ビスケのもとで念の修行を重ね、ゲームマスター・レイザー、大量殺人鬼の爆弾魔（ボマー）との戦いなどを経験して2人は一段と成長していく。

キメラアント（NGL編）　No.186 - No.198（単行本18巻 - 19巻）

グリードアイランドのクリア賞品として得たゲーム内の呪文カードを使用してジンに会おうとするも、なぜかカイトのもとへたどり着く[単行本19巻参照]。カイトたちの仕事に協力する中でキメラアントという生物の存在を知り、一行はNGLへ。そのころキメラアントの女王は兵隊蟻を使って人間を襲い、着実に勢力を拡大していた。

キメラアント（王誕生編）　No.199 - （単行本19巻 - ）

ゴンとキルアはキメラアントの強さに圧倒され、カイトの犠牲によってNGLを脱出する。代わりに討伐隊としてやってきたネテロ会長らの奮戦も及ばず、キメラアントの王は産まれてしまう。王は直属護衛隊と一部の兵隊蟻を引き連れて東ゴルドー共和国を支配し、国民の選別を行う。被害拡大を防ぎ、カイトを救うため、ゴン達は王に戦いを挑む。

こうして直は、謎の組織が主催するゲーム・トーナメント「ライアーゲーム」の第一回戦「1億円奪い合いゲーム」に参加させられる事になった。なんとかゲームを降りようとするが、どこに相談してもまともに取り合ってもらえない。やがて、対戦相手が発表されたが、その相手は直の中学時代の恩師、藤沢だった。早速藤沢のもとへ向かった直だったが、藤沢の言葉に惑わされ、まんまと1億円全額騙し取られてしまう。なんとかして1億円を取り戻そうと躍起になった直は、出所したばかりの天才詐欺師・秋山深一に助けを求めるが...。

プロローグ

昔、忍五大国の一つ木ノ葉隠れの里に、強大な力を持った尾獣、九尾が襲来した。里の長、四代目火影の波風ミナトは自らの命を犠牲にして、九尾をへその緒を切ったばかりの赤ん坊に封印した。

その後時は流れ、里は再び長についた三代目火影により、安定を取り戻していた。

波の国任務

忍者を目指しアカデミーに通う主人公うずまきナルトは、忍者アカデミーの超問題児で毎日イタズラ三昧。落ちこぼれで、卒業試験に3回落第していたが、自分の身を呈して守ってくれた教師、うみのイルカの行動をきっかけとして目覚め、何とか下忍になる。下忍になったナルトは、うちはサスケ、春野サクラと共に、上忍はたけカカシの班に配属される。カカシから鈴を奪い取るサバイバル演習では自分たちの未熟さを思い知るが、"仲間の大切さ"に気付き、これまで合格者を出したことのないカカシから正式に下忍として認められる。

その後間もなく、波の国のタズナの護衛の任務において、霧隠れの抜け忍・桃地再不斬（ももちざぶざ）と氷遁忍術を操る少年・白（はく）と戦闘。苦戦を強いられるが、この実戦を通じて忍者として大きな成長を遂げる。サスケはこの戦いにおいてうちは一族の血継限界である写輪眼を開眼し、ナルトは自らに眠る九尾の妖孤の強大な力の片鱗を初めて見せる。

中忍試験

その後、下忍となっていくつかの任務をこなした第七班は、隊長であるカカシの推薦により中忍試験に参加。木ノ葉の同期の下忍を含め、各国から中忍候補の下忍達が木ノ葉の里に集う。第一次試験である筆記試験を突破し、第二次試験の"死の森のサバイバル"に臨む。しかしその途中、伝説の三忍の一人大蛇丸が突如として現れ、圧倒的な力で翻弄、サスケに謎の呪印を刻み込む。試験官のみたらしアンコはかつての師であった大蛇丸の出現に緊急事態を察し追撃するが、惜しくも取り逃がす。その後、二次試験が終了。

合格者多数のため、三代目火影や師である上忍の面前にて、候補者同士による個人戦という形で予選が執り行われる。サクラは、いのと引き分けて本戦進出はならなかったが、サスケとナルトは勝ち上がり、後日行われる本戦への進出を決める。

木ノ葉崩し

中忍試験の予選から1ヶ月後、各国からの忍頭や観衆が見守る中、中忍試験本戦が開始される。ナルトは白眼を持つ柔拳使い日向ネジを相手に苦戦を強いられるが、九尾の力を開放し勝利。中忍試験が進められていく中、カカシとの修行を終えたサスケが登場。砂隠れの砂瀑の我愛羅と対戦する。

カカシから千鳥を伝授されたサスケは我愛羅を相手に善戦するが、その最中、突如として何者かが場内全体に幻術をかける。大蛇丸が"砂隠れ"を巻き込み、中忍試験の隙に乗じて木ノ葉隠れに戦争を仕掛けたのである。大蛇丸はこの時のために、部下であるカブトを密偵として暗躍させていたのであり、三代目火影は大蛇丸を封印する一歩手前まで追い詰めるが、力及ばず術のみを封じてこの世を去った。木ノ葉の里の忍者も死力を尽くして応戦し、何とか敵を撃退する。

その後、大蛇丸がなり代わっていた四代目風影の本物も、側近達と共に腐乱した無残な死体の姿で発見され、砂隠れもまた大蛇丸に騙されていただけであった事が明らかとなる。結果的にこの戦いで、五影の内2人もが死亡し、双方の里は甚大な被害を受けてしまうのだった。

暁の影

その後、木ノ葉の里に再び危機が迫る。数年前うちは一族を滅ぼし、木ノ葉隠れを抜けたうちはイタチと、霧隠れの抜け忍干柿鬼鮫の2人が突如として里に現れた。彼らは、かつて大蛇丸も所属していた暁と呼ばれる組織のメンバーで、九尾を宿したナルトを狙っていた。彼らの侵入を察知した木ノ葉の上忍（猿飛アスマ・夕日紅・はたけカカシ）が応戦するが、イタチの実力は上忍達の力を持ってしても押さえ込むことはできなかった。イタチの写輪眼による幻術"月読"を受け、カカシは戦闘不能となる。事態を知ったサスケは復讐の対象である実兄が里に現れたことを知って追跡する。

その頃、伝説の三忍の一人、自来也は上層部から火影就任の要請を受けるも、これを固辞し、同じ三忍で初代火影の孫でもある綱手を推薦。ナルトの修行を兼ね、共に彼女を探索する旅に出る。しかし、その道中で、イタチと鬼鮫がナルトを狙って来襲。自来也の高等忍術でなんとか退けるが、うちはイタチに単身で挑んだサスケは返り討ちに合い重傷を負う。

三竦みの戦い

自来也と共に里を旅立ったナルトは道中に術の修行に励む。その頃、三代目火影によって両腕を奪われた大蛇丸は術を封じられ、後遺症の激痛に苦しめられていた。彼は力を取り戻すため同じ三忍の一人で医療スペシャリストの綱手に自分の両腕を治すよう交渉を持ちかける。師である三代目を殺し、腕が治ったら再び木ノ葉を襲うという大蛇丸に対して綱手は激昂し、要求を退けるが、「最愛の2人を生き返らせる」という大蛇丸の言葉に綱手は動揺する。

その直後、自来也とナルトも綱手を発見。ナルトの姿に自分の亡き弟の姿を重ね見た綱手は「螺旋丸を修得できたら、初代火影の首飾りを譲る」と賭けをする。ナルトはますます螺旋丸の修得に燃える。その後、綱手は大蛇丸の要求を再び拒絶。そのまま、大蛇丸とカブトとの戦闘に突入。戦闘中に自来也も登場し、巨大口寄せ動物3体を巻き込んだ壮絶な三竦みの戦いを繰り広げる。苦戦の末、綱手の渾身の一撃によって大蛇丸を何とか退ける。この戦いでナルトは、ついに螺旋丸を修得する。

サスケ奪還任務

大蛇丸、綱手と並ぶ三忍の一人、自来也の尽力により大蛇丸を退け綱手が五代目火影に就いたことにより、里はやっと平静を取り戻そうとしていた。しかし、大蛇丸によって呪印を刻まれてしまったサスケは己の宿命に苦悩する。そんな中、サスケは大蛇丸の部下である音の四人衆と接触、大蛇丸の元へと誘い込まれる。ナルト、シカマル、チョウジ、キバ、ネジの五人は、サスケを連れ戻すため音の四人衆と交戦、我愛羅たち砂隠れの忍者の助けもあり、重傷を負いながらも全員を倒す。が、サスケと戦ったナルトは敗北を喫し、サスケは大蛇丸の元へ去る。

謎の組織・暁を倒すこととサスケ奪還のため、ナルトは自来也と2年半の修行に出る。

カカシ外伝　ジャンプコミックス27巻『カカシ外伝～戦場のボーイズライフ～』

時系列では、第三次忍界大戦後、『第一部』が開始される十数年前の物語（カカシが『第一部』のナルトぐらいの頃）。

はたけカカシの幼少期、写輪眼を手に入れた経緯が物語となる。

上忍に昇格したカカシは、これまで共に任務をこなしてきた、うちはオビト、リン、そして上官である波風ミナト（後の四代目火影）と任務に向かう。カカシとオビトは、いつもぶつかり合う仲（ナルトとサスケのようなライバル関係である）。

上官と別行動を取った後、カカシ達は敵の罠に嵌り、窮地に立たされる。人質に取られたリンを巡り、既に亡くなった父親の面影に今なお引きずられるカカシと、任務ではいつも口先だけのオビトは、忍者としての在り方で意見が分かれ、対立。チームは分裂することになる。単独でリンを助けに行くオビト。しかしオビトも敵と対峙し再度窮地に陥る。オビトはここで写輪眼を覚醒させる。カカシが駆けつけ敵は退けるが、脱出時に落石からカカシをかばい、オビトは落石の犠牲となってしまう。そして息を引き取る寸前、上忍の就任祝いと称しカカシに写輪眼の力を託した。

アニメでは、2009年7月30日に放送。

第二部　（ジャンプコミックス28巻から）

風影奪還任務

第一部の2年半後から始まる。暁が尾獣を手に入れるため行動を開始する。暁のデイダラが、砂隠れの里の風影になった我愛羅を倒し連れ去ろうとした。

暁を追ったカンクロウが、デイダラと共に活動していたサソリのカラクリ人形の毒によって倒され、意識を失ってしまう。その後、砂隠れの里からの緊急の報せを受け、ナルト達カカシ班が砂隠れの里へ向かう。途中砂隠れの里に戻るテマリと合流し、砂隠れの里を目指す。その頃、木ノ葉隠れの里では、ガイ班もカカシ班と同様の任務で派遣されていた。砂隠れの里についたカカシ班は、毒に蝕まれたカンクロウを治療、そして、砂隠れの里の相談役でありサソリの祖母、チヨバアと共に暁のアジトを目指す。

一方ガイ班は、カカシが口寄せした忍犬、パックンと共に川の国にある暁のアジトを目指していた。そして、カカシ班とガイ班は途中、それぞれイタチと鬼鮫（両者は偽物）の足止めを食らいながらもアジトに到着。トラップを破り、アジトである洞窟の中に突入する、ナルト、カカシ、サクラ、チヨバアの前には、既に尾獣と引き離されて絶命している我愛羅と、暁のサソリとデイダラしかいなかった。

我愛羅の奪還のためデイダラを追うナルトとカカシ。サクラとチヨバアはサソリと対峙する。祖母と孫による、砂隠れの歴史の中で最強のカラクリによる死闘の末、サクラとチヨバアは苦戦しながらも何とかサソリを倒し、ナルトたちの後を追う。

一方ナルトとカカシは、カカシの万華鏡写輪眼のおかげで我愛羅の遺体の奪還に成功する。しかし、ナルトは尾獣を体内に内包し、人柱力として生きる宿命と同じ境遇である我愛羅の死の怒りを、砂隠れのご意見番であるチヨバアにぶつける。ナルトと出逢い、考えや認識を改めていたチヨバアは、自分の秘術を使い自らの命と引換えに、我愛羅を蘇生させる。目を覚ました我愛羅の周りには、彼を尊敬し敬愛する砂隠れの忍者たちが、己の指導者の救出のために集まっていた。

天地橋任務

我愛羅奪還を果たしたカカシ班。しかし、万華鏡写輪眼の影響でカカシはしばらく動けなくなっていた。代理でカカシ班の隊長に指名されたのは暗部のヤマトと名乗る忍者だった。さらに、サスケの補充として暗部の根から派遣されたサイと名乗る忍者がカカシ班に加わり、サクラがサソリから聞き出した情報で、大蛇丸のもとにいるサソリのスパイと接触することになる。しかし、何かに付けてぶつかるナルトとサイ。そんな状態で接触の時が来る。ヤマトがサソリに変装しスパイと接触する。そのスパイの正体は大蛇丸の右腕のカブトだった。しかし、既にカブトに掛けられたサソリの術は大蛇丸に解かれており、ヤマトは窮地に陥る。ナルトはヤマトを助けるために大蛇丸に挑む。その際に大蛇丸の言葉に触発され、九尾の力が目覚めて大蛇丸を追い詰めていく。その最中、サイは本来自分に与えられた任務のために動き出す。ヤマトは何とか九尾の力を押さえ込み、その最中に、サクラに自分の正体を明かす。ヤマトは大蛇丸により初代火影の遺伝子を組み込まれた実験体で、今の木ノ葉の里で唯一木遁の術を扱え、九尾の力を押さえ込むことのできる存在だった。

ダメージを受けたナルトを回復させたカカシ班は、大蛇丸のアジトに潜入する。そこでサイの全てを知るカカシ班。サイは三代目火影と敵対していたダンゾウの部下で、ダンゾウの命によって大蛇丸と結託して、綱手の治める今の木ノ葉を潰そうとしていた。しかし、暗部の真の目的は大蛇丸が次の体にと目を付けていたサスケの暗殺にあった。ところがサスケとの繋がりを守ろうとするナルトとサクラを見て、サイはかつて自分が大切にしていた兄との繋がりを思い出し、ナルトたちと共にサスケ奪還に協力する。サイはナルトたちより早く、本来の暗殺対象であるサスケと接触し、ナルトとサクラの話をする。サイの元にナルトたちが来た時、ナルトは2年半ぶりにサスケとの再会を果たす。しかし、そこにいたサスケはかつてのサスケとは違っており、ナルトたちを本気で潰しにかかる。ナルトとサイとヤマトは、全くサスケに歯が立たずに敗れていく。その中で、九尾の妖孤はナルトに自分の力を頼るように言う。ナルトがそれを断ろうとした時、ナルトの中にサスケが現れ、九尾の妖孤を一時的に消滅させてナルトの中の力の正体を見極める。そして、全てを終わらせようとした時、大蛇丸がそれを止める。そして、かつての友であるサスケはナルトたちの前から再び消えてしまう。

変わってしまった友と、自分の非力さを痛感したナルトは、再び修行に入る。そこでカカシは、螺旋丸以上の物凄い術をナルトに授けようと特訓させる。

新たなる刺客

ナルト達が木ノ葉の里に帰還してまもなく、雲隠れの里に新たな暁のメンバーの飛段と角都が現れ、二尾の化け猫（猫又）を宿した人柱力・二位ユギトを倒し、拘束する。そのまま、彼らは次なるノルマの達成のため、火の国に侵入し、高名な忍寺"火の寺"を襲撃。"守護忍十二士"の一人、地陸を倒す。また、他国においてはデイダラと新たに暁のメンバーとなったトビがコンビを組み、三尾の大亀（磯撫）の捕獲に成功する。

暁が着実にその目的を達成していく中、飛段と角都が火の国に侵入したことを知った五代目火影は、新編成した二十小隊の精鋭達に彼らの抹殺を命じる。しかし、交戦した上忍猿飛アスマは、彼らの術の前に敗れ還らぬ人となる。

師の敵を討つべく、元第十班のメンバーは、アスマの代役のはたけカカシと共に再戦。彼らの連携に苦戦を強いられるが、シカマルは命がけの策で飛段をバラバラにして生き埋めにし、ヤマトを筆頭とする仮の第七班として参戦したナルトは修行で習得した、螺旋丸に風の性質変化を組み合わせた"風遁・螺旋手裏剣"を使用し角都を戦闘不能に追い込み、カカシが雷切でとどめを刺す。

大蛇丸との決別

飛段と角都との交戦が終わった頃、サスケは大蛇丸の下で修行を重ねていた。しかし、自身が「大蛇丸を越えた」と確信したサスケはついに大蛇丸に凶刃を晒すのであった。大蛇丸を倒しその力を取り込んだサスケは囚われていた水月を引き連れ、残りの香燐、重吾を仲間に加え、小隊を「蛇」とした。

それぞれの捜索

木ノ葉と小隊「蛇」はそれぞれイタチの捜索を開始する。ヤマトの小隊はカブトと戦闘に陥るが、取り逃がしてしまう。水月、香燐、重吾が別行動をしている間、サスケはデイダラとトビの襲撃に遭うも、デイダラを自爆に追い込んだ。暁は四尾を鬼鮫一人で仕留め、目標へと着実に近づいていく。

小隊「蛇」は木の葉の追跡から逃げ、サスケは（分身の）イタチと遭遇したことでうちはのアジトへ向かうも、水月、香燐、重吾は鬼鮫のせいで足止めを食らう。

その頃、自来也は暁のリーダー格の情報を得るため、単独で雨隠れの里へ侵入したが、小南とペインに発見され戦闘に突入。だが、戦闘の末にペインに殺害され、木ノ葉にペインの情報を遺した。

ナルトが小隊「蛇」を見つけるも、イタチの分身に遭遇する。その後は木ノ葉がうちはマダラ（トビ）のせいで足止めを食らう。サスケはイタチと戦闘を始め、苦戦するも勝利。

サスケは後にマダラから、うちは一族が抹殺された日の真実を知ることとなった。

その後、サスケは小隊を「鷹」と改めた。

次なる暁の動き

万華鏡写輪眼を手に入れたサスケは水月、香燐、重吾と合流し、小隊の名を「蛇」より「鷹」へと改め、暁と手を組む。

その頃、木ノ葉では自来也の戦死がフカサクから伝えられ、ナルトはフカサクのいる妙木山で修行を行う。

小隊「鷹」は雲隠れの里へ向かい、八尾の人柱力を宿すキラービーと戦闘し、水月、香燐、重吾に助けられながらもサスケは天照で生け捕りにし、マダラに引き渡した。このことは雲隠れにも知られ、小隊「鷹」は雲隠れに追われる身となった。暁は八尾の封印を行うが、サスケが生け捕りにしたキラービーが分身だったため、失敗に終わった。

ペインの侵攻

ナルトが修行の成果を確実に上げる中、九尾捕獲の為、木ノ葉への襲撃をマダラへ進言したペインは小南と共に木ノ葉に接近。里に結界が張られていながらも盲点を突き侵入に成功。容赦無い破壊を行い、次々と里の人や忍達を追い詰め、自らの術で木ノ葉にクレーターを作った。妙木山で修行していたナルトは、蝦蟇から襲撃の報を聞いて木ノ葉へ急遽帰還、他の忍らの掩護を受けつつペインとの交戦へ突入。

最終的にナルトはペインを倒し、ついにペインを遠隔操作していた長門本体に接触する。本体での戦闘が不可能な長門に対し、師・自来也の描いた想いを説くナルトにより、己が命と引き換えに亡くなった木ノ葉の忍達全てを蘇生させることで酬いた長門は力尽きた。長門の亡骸を抱いた小南は、師の意志に応え、暁を脱退する意向を固めた。

五影と暁

木ノ葉が復興へ動く中、ペインとの抗争時チャクラを使い果たして昏睡状態に陥った五代目火影・綱手に代わり（突如として）暗部の頭・ダンゾウが半ば強引に六代目火影を襲名してしまう。暁と手を組んだサスケによって、八尾（分身）が誘拐される。雷影は、実弟である八尾が誘拐された事実に激高し、雲隠れの忍にサスケらの捜索を命令。また暁の活動、抜け忍のサスケを木ノ葉が始末しなかったことが気に入らなかったため、サスケの殺害に同意を求める文書を用意させ他の五影を招集する。八尾の捕獲に失敗したことを知ったマダラはサスケに接触し、急遽「月の眼計画」を出した。

中立国である鉄の国ではついに五影会談が開かれたが、暁が会場に侵入し、五影と交戦。マダラは「月の眼計画」と「第四次忍界対戦の布告」を伝え、姿を消した。最終的に五影会談の結果、雷影を筆頭に忍連合軍を結成することとなった。

二度のワンナウト勝負の末、捨て身で勝利をもぎ取った児島は、東亜にリカオンズ優勝への光明を見出しチームにスカウト、1999年のプロ野球の世界へと導く。そしてこの東亜の入団が、万年Bクラスの弱小球団「埼京彩珠リカオンズ」の運命を大きく変えていくことになる。